侧扫声呐是基于回声探测原理进行水下目标探测的，通过系统的换能器基阵以一定的倾斜角度、发射频率、向海底发射具有指向性的宽垂直波束角和窄水平波束角的脉冲超声波，在触及海底目标后发生反射和散射，利用显示器上显示各表层图像的不同特征，经过图像判读，判别其海底目标特征，用于出露于海床面以上的海底目标探测。侧扫声呐配备有计算机图像处理甚至识别系统，可以分析海底目标的大小、形状、深度等，具有较高的分辨率。
但由于侧扫声呐只能对波束空间进行粗略定向，因此对于海底目标深度不能精确测定，详细精确探测还得借助于潜水员潜摸、单波束测深仪探测、多波束测深设备扫海等其他办法辅助。